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1、洁净区的消毒尤为重要。所使用的消毒剂应多于一种，确保它们具有不同的作用机理，对所有细菌和真菌均有效定期使用杀孢子剂。
2、消毒程序应经过验证。应证明特定的使用方式下，在不同材料表面或代表性材料表面消毒剂的适用性和有效性，并应支持所制备溶液的使用期限。
3、A/B级区内的消毒剂和清洗剂在使用前应当是无菌的（在C级和D级使用的消毒剂也可要求是无菌的）应监测消毒剂和清洁剂的微生物污染状况；配制后的消毒剂和清洁剂应存放在清洁容器内，且在规定期限内使用。
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